Dès sa création en 2000, la Faculté des sciences religieuses a engagé plusieurs projets de recherche avec les instituts qui lui sont rattachés, parfois en partage avec des départements de la Faculté des lettres et des sciences humaines ou avec des partenaires extérieurs à l’Université Saint-Joseph, tels que l’Université de Balamand, l’IFPO, ainsi qu’avec des partenaires étrangers, tels que l’Université Laval au Québec, Lyon II et Jean-Moulin-Lyon III.

En 2004, à la suggestion du Vice-Recteur à la recherche, la Faculté des sciences religieuses ouvre un centre de recherche, le Centre d’Etudes et d’Interprétations du fait religieux (CEDIFR), dont le but principal est la coordination des recherches propres à la FSR et aux institutions qui la constituent et qui en font la demande. Ce centre est en cours de développement.

Depuis 2002, la Chaire Unesco d’études comparées des religions, de la médiation et du dialogue participe aux programmes de recherche.

La plupart des projets de recherche de la FSR sont financés par le Conseil de la recherche de l’USJ.

La FSR s’appuie de plus sur d’autres organismes pour mener ses activités ; ainsi l’Agence universitaire de la francophonie (AUF), dans le cadre du programme d’appui aux projets de coopération inter universitaire de soutien à la formation et à la recherche (PCSI) a financé en 2003 et 2004 deux séminaires du projet 7FSR l’Atlas des espaces religieux du Liban. La délégation de la Commission européennes au Liban et le programme cedre sont également sollicités